Здравствуйте,Батюшка!
Я была в нечистоте (женские дни) у своего крестника на крестинах.Из-за этого на таинстве вместо меня была мама.Я находилась в храме, хотя из-за нечистоты старалась находиться ближе к выходу.
Считаюсь ли я крестной или же моя мама?

Кресным (воспреемником) считается тот, кто давал обеты Крещения и принимал ребенка из купели. Так что фактически этот человек - Ваша мама.