Христос Воскресе!
Иногда после завершения какого-нибудь дела, многие люди говорят другому человеку “Спаси Господи”.
Что означает эта фраза и как правильно на нее ответить?

Уважаемый Руслан!

Тем самым человек, благодарящий Вас, желает спасения Вашей души.

Кстати, слово "спасибо" - это сокращённая форма словосочетания "спаси Бог". Допустим, Вам говорят “спасибо”, то есть Вы сделали мне добро, пусть Бог спасет и наградит вас за это.

Слово «спасибо» в настоящее время, стало синонимом слова «благодарю», то есть потеряло священное, сакральное значение; а «Спаси Бог» - это молитвенное пожелание, требующее обращение к Богу. Чтобы избежать смущения, можете вместо "спасибо" говорить "благодарю".