Почему сохраняется понятие о женской нечистоте, если Спаситель сказал, что для чистого все чисто? Не значит ли это что для дома Божьего все чисто?

Здесь речь идет о греховности плотского характера, о похоти. "Ибо в беззаконииях зачат я, и во грехах родила мать меня" - пишется в 50-м псалме. С другой  стороны, в вашем вопросе есть какое-то справедливое замечание по сравнению Нового Завета и Ветхого. На Поместном соборе Русской Церкви в 1918 г. эту проблему (о содержании очистительной молитвы на 40-й день) обсуждали. Но решения собора на сей счет носят только характер мнения, не имеют обязательной силы. Поэтому пока как Требнике записано, так и надо делать, и так относиться со смирением.