Здравствуйте, я крещен и я вляюсь служащим одного из учреждений, директор которого миссионер одной из церквей, признаваемых, если не ошибаюсь, тоталитарной сектой. Каково Ваше мнение о данной ситуации?

Если Вас не принуждают присоединиться к этой религиозной организации,  участвовать в ее деятельности и ритуалах. т.е. если вы вополняте обязанности светского характера, то нет никаких оснований для беспокойства. Честно выполняйте возложенные на Вас обязанности. К сожалению, в своем вопросе Вы не описали подробно ситуацию в которой Вы находитесь, ни название организации, в которой работаете, ни название секты, по этому рекомендую Вам обратиться к священнику за консультацией или к специалисту в области сектоведения.