Можно ли уходить с середины службы, если есть мирские дела?

После чтения канона Андрея Критского я, не дождавшись окончания службы, ушёл из храма придумывая себе оправдания, а совесть обличает, как о чём-то потерянном, не полном, обязательно ли стоять службу до конца? Или, если есть какие-то мирские дела, можно уходить, не дождавшись окончания?

Вы сами ответили на ваш вопрос, говоря об угрызении Вашей совести. Конечно, если есть важные дела, и Вы не собираетесь причащаться на следующий день, то вы можете покинуть храм после окончания канона. Но лучше остаться до конца Великого повечерия и уйти только после отпуста со службы служащего священника.