Здравствуйте!
При крещении батюшка оставил имя “Эльмира”, а потом выяснилось, что такой Святой в Православии нет, - подскажите, пожалуйста, как поступить в таком случае?

Уважаемый читатель!

Этого быть не может. Хочется надеяться, что священник этот не настолько безграмотен. В данном случае Таинство действительно, но следует прийти в хрм и пусть вам священник прчтет молитву на наречение имени, конечно православного.